MySQL 5.6.10をインストールした後、以前のmy.cnfをそのまま流用すると以下のようなWarningが出た。
2013-03-12 09:45:02 0 [Warning] TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated. Please use --explicit_defaults_for_timestamp server option (see documentation for more details).
2013-03-12 09:45:02 7f90f5255720 InnoDB: Warning: Using innodb_additional_mem_pool_size is DEPRECATED. This option may be removed in future releases, together with the option innodb_use_sys_malloc and with the InnoDB's internal memory allocator.
TIMESTAMP with implicit DEFAULT value is deprecated.
これは、explicit_defaults_for_timestamp を有効にするために， my.ini の [mysqld] のセクションに
explicit_defaults_for_timestamp=true
を追加。
Using innodb_additional_mem_pool_size is DEPRECATED.
これは、innodb_additional_mem_pool_size が非推奨になったため
my.cnfから innodb_additional_mem_pool_size の項目をコメントアウト
その他の注意事項は、
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/upgrading-from-previous-series.html
を参照